Linux新人です。
yumでフルアップデート後にGNOMEデスクトップで初期化（？）される問題が発生しました。
再カスタマイズすることでトラブル自体は解決したのですが、今後同様の問題を起こさないために
デスクトップ環境を使っている状態でアップデートする正しい方法をご存じでしたら教えてください。

＜現象＞
①CentOS7.4のGNOMEデスクトップ環境を自分のidで使っていた
②rootですべてyum最新化
③デスクトップ環境が初期化（？）される事象が発生
　・デスクトップのアイコンがただのファイル表示になってしまった
　　クリックすると「信用できないアプリケーションのランチャー」と警告が表示されるが
　　構わず実行すると実行できるし、アイコンも元通りに表示される
　・信頼されていない状態のアイコンのデスクトップファイルをGUIのプロパティで見ると、
　　「プログラムとして実行」のチェックはちゃんとついている
　　再度信頼済みのものと未信頼のものの権限をGUI、コマンドで見比べてみたが
　　権限的な違いは見当たらなかった
　・メニューバーの幅やマウスのカーソル速度などのカスタマイズした設定が
　　デフォルトに戻っている

＜対処＞
・デスクトップのアイコンはすべて実行して信頼済みにした
・メニューバーやマウスなどのカスタマイズは再度やり直した