>>358
普通は上書きされる
が、大抵上書きされるだけなので
バージョンアップでファイル名が変更されたファイルとか
削除されたファイルは前のものが残ることになる。

make uninstallとかuninstall.shが用意されているものもあるがそんなに多くはないかな。
そういうのが残るのが嫌ならcheckinstallとかporgでパッケージを作って管理すると良い。
https://wiki.debian.org/CheckInstall