513で載せた画像のお尻の方の甲羅は、519さんがおっしゃる通り穴が開いていました。
年に１回は動物病院で健康診断をするのですが、初めて受診した際に既に治癒した後との診断をもらいました。その時に歯ブラシで磨くように言われて、先日の健康診断の際にもまだ角質が残っているので磨くようにと診断がありました。
時系列的には、513→509です。

509の受診後に、更に甲羅を歯ブラシで磨いたところ、出血があり、今では白いカサブタのようになっています。
http://get.secret.jp/pt/file/1578379381.jpeg
皆様から、たくさん褒めてもらったり、アドバイスをいただけて嬉しいです。
またお気付きのことがありましたら教えてください。