VPNアプリがシステム設定はいじらずに全ての通信アプリのDNS設定書き換えるわけないでしょ
つまりシステムの設定はVPNのやつになってんの
そうじゃなきゃスプリットオフにした時にも普通のDNS使うことになるし
ブラウザの設定は何もなければシステムのものを使うわけで、都合悪ければ自分で設定するのは当たり前