別に自分はISDN／MTU1000を強制している訳ではないんですが・・・
単純に伝送効率だけを論じれば、フラグメントしないMTU値が最適なのは判っています。

bytes=1472 time=585ms
bytes=1241 time=519ms
bytes=1010 time=461ms
bytes=779　time=394ms
bytes=548　time=351ms

しかし、世の中のその筋の解説ページやぷららturboなどMTU設定ツールの多くでは、
576／アナログモデム
1000／ISDN
1454／ADSL等
をMTUの標準値として推奨しています。

今現在は、MTU1500でも問題なく通る時代のようですから、極端な話し、
アナログモデムだってMTU1500に推奨したって良い訳じゃないですか？
でも、アナログモデムは結構ノイズで死ぬパケットも有るのかもしれないから、
現実的には短いMTU値の方が良いのかな？、などと考えている内に、
なぜISDNはMTU1000なのか？っていう疑問に発展してしまった訳です。

それで、ちょうど暇だったから実際に実験して調べてみた訳です。
そうしたら、転送量と応答時間のバランス的に良いと思われたのが、MTU1000前後
になった訳で、フレッツスクエアの計測でもMTU1500〜900では61〜60kbpsで、
それよりMTU値を下げると、フレッツスクエアの計測値の下がり方が早くなるので
（MTU576では57Kbps）、じゃ、MTU1000位が最適値なのかな、って思った訳です。

それで、こんな適当な計測結果よりも、もっと技術的に根拠の有る事を知っている
人が居るならば、聞いてみたいと思っただけです。