一つの開業届で屋号2つ使って営業して良いと税務職員が言ったのを
開業届けを2つ出して良いと曲解したのが原因だと思う

法人立ち上げ準備のための個人事業とか意味不明
個人事業とは別にさっさと法人を立ち上げれば問題ない