fontの件、再起動しても治らないのだけど、もう一台あるFedora39では、dnf で全部最新にして再起動しても、問題が起きない（firefoxでフォント設定が効く）
なので、インストールしたパッケージの組み合わせに依存して何らかの不具合が起きてると推測します

最近、Rygel（DLNAのサーバー）をソースからビルドしようとかなりGNONE関連の開発パッケージをインストールしたので、そいつらが怪しいです。どんどん消してみます