Thunarではフォルダに表示されるサイズはそのフォルダの合計サイズじゃないよ
フォルダの合計サイズが知りたければ右クリックでプロパティ
てかアクセス毎に合計サイズ探ってたら激重になるし
長時間アクセスされなければ一度展開して畳んだフォルダツリーさえもメモリから開放されるようになってる
とにかく余計なものを抱え込まないしキャッシュファイルさえも作らない仕様になってる