$ env
ログインユーザーで上のコマンド打った場合
どっちが有効か判断してみては？
ZIPINFOOPTとかがなければ、.xprofile
ZIPINFOOPTとかがあれば、.xinitrc

その前にGTK_IM_MODULEとかはあるよね？