肥大化したMFTはHDD上だと厄介だろうと思うけど
実際に数十万個のファイルが断続的に追加されてきたHDDでは
断片化され継ぎ足されてきたMFTをいちいち舐めては吟味するしんどさが体感できた

断片化したMFTの取得はSSDでも都度リクエスト発行になるから
HDDのシーク時間ほどではないにせよ手間と待ち時間は増加するだろう

細かいファイルを大量に格納する用途があらかじめはっきりしているなら、
NTFSのフォーマット時にMFTを大きめに確保するしかない

(エロ)動画なんかよりも、(エロ)画像やデータベースなんかの方が影響も大きいと思うよ