標準でext4を勧めてくるからext4。
特にこだわり無ければext4でいいでしょ。

ちなみに、ファイルシステムと書いた方が自然だと思う。
ファイルフォーマットっていうと、例えば音声ファイルの
フォーマット(.mp3 .wav)を先にイメージしてしまう。