個人的でwindowsの話になってしまうので恐縮だが

後輩のPC（Win98だった気がする）か起動しなくなったことがあった
調査結果、c:\の直下にwindowsフォルダしかない状況、autoexec.batすらない
raspbianに置き換えると、/bootの中身が全部行方不明という状況みたいなもの

曰く、「ファイルが散乱していたので整理した」とのこと

全くの素人はこういう予測できない挙動をするから、十分な警戒が必要
可能な限り情報を引き出すのは定石