Xディスプレイマネージャをすべて削除し、startxするようにしました。
Xを起動しなければ、shutdownもlogoutも可能だということがわかりました。
どうやらXが終了するときにこの問題が起こるようです。
Xを終了させずにマジックSysRqを使ってPCを終了させることにしました。
/etc/sysctl.confの
kernel.sysrq=1
のコメントアウト#を外して
Alt+Print Screenを押したままsキー、uキー、oキーを順番に押すと
なんとかshutdownすることができます。応急処置ですが。