Debianでパッケージ化されてるソフトウェアは基本的にバージョン固定なので
deb9u3とかはパッケージのリリース番号じゃないかな
以降のバージョンで見つかったバグやセキュリティホールが修正されてる

関連パッケージは試してないけど、samba本体をインストールしたときに怒られたら入れ直せば