>>75
$ xmodmap -e 'keycode 187=' -e 'keycode 188=' -e 'keycode 94='
とすることで「ゅょ、」と入力することが出来ました。

本来はAlt+カタカナひらがなキーでモード変更ができる(ATOK 2015)のですが
私の環境(ATOK 2016)では、かな入力モード変更出来ませんでした。
結構詳しく調べていただきましたが、断念しました。
(私の環境が悪いのかもしれません)

ATOKのパレットはR漢のままですが、カタカナひらがなキー押下での
かな入力で (たまにローマ字になることはあるもののそれ以外は) 使用
できるので、今回はこれでいくことにしました。