LMDE2 MATE 32bitなんですが、
PC起動して1度目のGUIログオンだと
1. GUIログオン状態からのPC再起動・PCシャットダウンを実行するとパスワードを聞かれる
2. NetworkManager(nm-applet)を右クリックして出てくるメニューの
　　「ネットワークを有効にする」「WiFiを有効にする」
　 のチェックが操作できない(グレーになって押せない)
(・端末(mate-terminal)でsudoは使える)
こういう症状が起きています。

PC起動して1度GUIログオンしてすぐログオフして2度目GUIログオンすると
上記1.はパスワード聞かれず実行され、2.は操作できるようになります。

再現性100%です。調べても俺にはヒントが見つけられませんでしたが
みなさん このような症状が起きていませんか?