USBメモリにインストールするとして
/bootはｅｘｔ4として、インストール先のマウントポイント/には
ファイルシステムは何を使うのがベターなの？

http://www.lifehacker.jp/2013/08/130802loss_usbdrive.html
軽くググって見つけた2013年のここの記事のではZFXが人気なんて書かれてるけど
HDDはなんとなくでBtrfsで運用してまつ(´･ω･｀)