入力されたローマ字をそのまま辞書引きに使ってしまっているのが原因なので
ひらがなからSKK辞書の送り仮名表現で用いられる子音に変換して辞書引くように
uim-skkの方を修正してくれって報告するのがいいんじゃないかな。