uim-toolbar-gtk等と同様に、uim-helper-serverが開いてるUNIX domain socketに、
prop_activateメッセージを書き込めばできます。
メッセージ形式等は、doc/HELPER-PROTOCOL参照。
anthyを直接入力に切り替える例:
printf 'prop_activate\naction_anthy_direct\n\n' | socat - UNIX-CONNECT:$HOME/.uim.d/socket/uim-helper