つまりアダムの肉体はゲンドウの掌から綾波が奪い、リリスへ還った、リリスを御する存在になり
6対、12の天使の羽根を持つ…神に次ぐ存在のルシファーに巨大綾波レイがなるも
アダムの魂は欠けていた、完璧、完全ではない
そこがEOEの儀式、インパクトの足りない部分です

アダムとリリスで啀み合う、確執が続く限り、人類の未来や幸せは不安定な物になる

そこから抜け出すには、始祖2人から、神を殺してでも作り変えてしまう
それがゲンドウの計画です
新たなアダムにゲンドウが、新たなリリスにユイとポカ波がなり、シンジを祝福してやれば
完全完璧な儀式が行え、全て丸く収まるハッピーエンドのファイナル・インパクトになります

最初はゲンドウは敵役になるはず、でも実は不器用でも
今回は人類と息子達の未来を考えて行動した【父親】として終えそうです
この辺も貞本漫画版に近い完結の仕方だと思います