再インストールした直後でもシャットダウンの1分30秒待ち
A stop job is running for User Manager for UID 1000　が出ました。

その時間近く
$ journalctl -u user@1000.service

再インストール前と同じく
mate-notificati[28867]: g_object_unref: assertion 'G_IS_OBJECT (object)' failed　MATE関連が出ています。

/ とhomeを別パーティションで分けてますが再インストール時にパーティションデータの削除（ゼロフォーマット）
を実行してるので前の環境を引きずることはないと思います。


シャットダウンの遅延が出たときの時刻近く
$ journalctl -u user@1000.service
7月 11 21:47:08 debian mate-notificati[29535]: g_object_unref: assertion 'G_IS_OBJECT (object)' failed
7月 11 21:47:32 debian systemd[652]: xdg-permission-store.service: Main process exited, code=exited, status=1/FAILURE
7月 11 21:47:32 debian systemd[652]: xdg-permission-store.service: Failed with result 'exit-code'.
7月 11 21:47:33 debian systemd[652]: xdg-document-portal.service: Failed with result 'exit-code'.

シャットダウンで待たされた時刻近くではないですがPulseaudioのFailedは出ます。
7月 11 20:18:10 debian systemd[652]: pulseaudio.service: Main process exited, code=exited, status=1/FAILURE
7月 11 20:18:10 debian systemd[652]: pulseaudio.service: Failed with result 'exit-code'.

これらのエラーメッセージを検索しましたが解決策や手がかりになりそうなものは見つかりませんでした。
Debian 11でMATEを使って同じくシャットダウンの遅延が出る海外のページを2つ見たのでMATEをやめてLXDEで使用してみます。