土への往生の真の教えとの思いはあったが、浄土真宗と名乗ることは浄土宗の否定とも取られかねないため、当時はただ真宗と名乗った。
ちなみに浄土宗や時宗でも自らを「浄土真宗」「真宗」と称した例があり、また時宗旧一向派（開祖一向俊聖）を「一向宗」と称した例もある。
近世には浄土宗からの圧力により、江戸幕府から「浄土真宗」と名乗ることを禁じられ、「一向宗」と公称した（逆に本来「一向宗」を公称していた一向俊聖の法統は、
本来は無関係である時宗へと強制的に統合される事になる）。親鸞の法統が「浄土真宗」を名乗ることの是非について浄土真宗と浄土宗の間で争われたのが
安永3年（1774年）から15年にわたって続けられた宗名論争である。 明治5年（1872年）太政官正院から各府県へ「一向宗名之儀、自今真宗ト改名可致旨」の布告が発せられ、
ここに近代になってようやく「（浄土）真宗」と表記することが認められたのである。
親鸞の死後、親鸞の曾孫にあたる覚如（1270年-1351年）は、三代伝持等を根拠として親鸞の祖廟継承の正当性を主張し、本願寺（別名「大谷本願寺」）を建てて本願寺三世と称した。
こうした動きに対し、親鸞の関東における門弟の系譜を継ぐ佛光寺七世の了源（1295年-1336年）など他の法脈は、佛光寺や専修寺などを根拠地として、次第に本願寺に対抗的な立場を取ることになった。
この頃の浄土真宗は、佛光寺や専修寺において活発な布教活動が行われ多くの信者を得たが、本願寺は八世蓮如の登場までは、天台宗の末寺として存続していたに過ぎなかった。
室町時代の後期に登場した本願寺八世の蓮如（1415年-1499年）は、当時の民衆の成長を背景に講と呼ばれる組織を築き、人々が平等に教えを聴き団結できる場を提供し、
また親鸞の教えを安易な言葉で述べた『御文（御文章）』を著作し、一般に広く教化した。この事により本願寺は急速に発展・拡大し、一向宗と呼ばれるようになった（逆にこの他の真宗各派は衰退することとなる）。
この講の信者の団結力は、蓮如の制止にもかかわらず施政者（大名など）に向かった。中世末の複雑な支配権の並存する体制に不満を持つ村々に国人・土豪が真宗に改宗することで加わり、
「一向一揆」と呼ばれる一郡や一国の一向宗徒が一つに団結した一揆が各地で起こるようになる。その