社員が議決権100％持ってるんでしょ？
社員のみんなに呼びかけて臨時株主総会の開催請求してそこで
解任決議しちゃえばいいじゃん。もちろん議事録作ってさっさと登記
解任で欠員が出たついでに>>284さんが補充で取締役に選任してもらったら？
ついでに総会終了後の臨取の議事録にちょちょいと書き足して代表取締役になっちゃえ
（前の代表取締役は１期だけ平取で残しといた方が面倒くさくなくていいよ＾＾）
小会社なんて実際に株主総会や取締役会開催してる会社なんて少ないんだから
書類揃えて登記してるだけのところが多いんじゃないの？
俺だって子会社のペーパー議事録毎年山のように作って登記してるよw