腟の善玉菌である乳酸桿菌は、腟内に多く存在するグリコーゲンを栄養源として乳酸を産生し、腟内を酸性（pH：3.8〜4.5）に保つことで雑菌の侵入を防いでいます。

これを「腟の自浄作用」といいますが、何らかの原因で乳酸桿菌が減ってしまうと、腟内の酸性度が低下して、別の細菌（雑菌）が繁殖して腟内の細菌叢が乱れ、雑菌がタンパク質を分解して産生する物質（アミン）や毒素によって、イカ臭い・生臭いイヤなにおいが発生します。この状態が細菌性腟症になります。