逆にいうと

● CLAMP＆講談社側
1,CLAMP２５周年を記念して何かやりたいとのこと
↓
2,アニメで『CCさくら』をやることが決定
↓
3,脚本大川、22話終了、みたいな骨子決定して製作開始
　ガイドラインとして1話読み切りを依頼されたので製作
↓
4.『CCさくら』、「なかよし」に連載
↓
5.連載と足並みが揃うような脚本を22話分仕上げ、納入
↓
6.アニメ終了、連載継続

っていう状況（多分）
アニメ＞原作（ガイドライン）からいつの間にかアニメ＜原作（連載）に比重が変わっていたのが問題なのでは
アニメ制作側は、アニメありきのつもりで話をするし、視聴者はそのつもりになるし、でもCLAMP＆講談社は連載ありきのつもりだろうし
その辺がこの結末を生んだような気がする