個人戦の場合は抗議権は選手にしかないけど、タイムアウトとったのだから抗議するように選手にアドバイスすることはできたはず
厳然たるルールの話をすると、
2.3.2.5.2　副審はサーブのネットインによるレットを主審と同じ権限を持って宣言できる
2.3.2.7　上記の判定を主審は退けることができない

また、

2.3.3.2　審判の事実の判定に対し審判長に抗議することはできない
2.3.3.3　審判のルール解釈に関して審判長に抗議することができる

日本ペアがやるべきは審判長を呼んで今のラリーはなぜレットなのか問いただすことで会って主審に食ってかかって解決するわけがない