クラス編成を柔軟にすれば良い。小5の年齢でも算数だけは小2クラスで授業を受けるとかやればいい。6年間でどの子も最低限度の水準に達するようにすればいい。
逆に中学校の数学先取りクラスがあってもいい。留年は難しくてもこの方法なら出来ないかな?