確信はないですが
http://mao.2ch.net/test/read.cgi/mysv/1436887468/694-695
のような顛末です。

EDNS0に未対応なのが原因なのか
リカーシブの実装が怪しいのか分かりませんが
とりあえずヤマハルーターのリカーシブを使わないようにしたら解決したもんで。