iPhoneの証明書は設定の一般のプロファイルとデバイス管理で確認できるけど、
複数ドメインはSNI使うのがよさげ、で、Let'sEncrypt使えば無料でオレオレじゃない
証明書取れるからやってみては。
ここでも証明書一つで複数ドメイン扱えるやつ取れるよ