>パーティションは、今からでも切れるんでしょうか?
少なくとも私には分かりません。
それゆえインストール時には、パーティションの切り分けに人一倍気を使います。

>あと、LinuxにWindowsのデフラグのようなものはありますか?
Linuxのファイルシステムには必要ないというのが定説のようです。

こういう情報こそgoogleで見つかります。
http://japan.internet.com/linuxtutorial/20011110/1.html
結構長い読み物ですが、Linuxのファイルシステムについては良い勉強になります。
ぜひ一読してください。