もちろんです。
カロリー（熱量）は酸素消費量にイコールですので、荒っぽく言わせてもらうと
心拍数（酸素を送る為に上がる）×時間=カロリー消費量
ですので、カロリー消費します。
誤解があるといけないので補足ですが、運動というか力を発揮する運動は「リアルタイムで酸素を消費するか、後から酸素を使って準備完了状態にリカバリするか」の違いであり、全てが有酸素運動です。
短距離ダッシュした後に普段通りの呼吸で平気な人はおらず、呼吸も心拍数も上がります←有酸素運動。
インターバルを長くとって心拍数が通常に戻っている間は、体温維持や組織代謝の代謝分とあまり変わらない消費量になるでしょう。
