1はいないけどメガバンクの行員だから参考になれば。

弊行もそうですが、メガも信金も農協も残念ながら横領が発生しています。
昔は表沙汰にならない事案もそれなりにありましたが、今はコンプライアンスもあり積極的に警察に突き出しています。
この手の犯罪は顧客との距離感と防犯体制の未整備に起因するものが多いです。
ご質問の定期預金の場合だとよくあるのは
「今キャンペーンでより有利な金利で定期を作れます。」
と言って既存の定期証書と新しい定期の申込書類を預かる ↓
解約は正規の手続で行い、新約は行わずに白地の証書に印字し偽造して返却。あるいは勝手に証書預り証を発行しさも銀行が預かっているように見せかける

と言ったケースです。
信金系が多いかは不明ですが、地域密着を掲げる信金の頻繁に来る担当者を信じたくなるというのは自然かと思います。
更に白地証書の在庫管理をしていなかったなんて事案も最近ありました。こういう体制未整備が犯罪者の付け入る隙を与えてしまったかもしれないですね。