>>PAEのimage、header入れてapt upgradeしても新しいのが入らず、
>>非PAEのが使われることになって気付かないでいるとしばらく3.5GBで使うことになる」
>>といった状況です

inux-image-686
古い PC 用 Linux (メタパッケージ)が入ってて

linux-image-686-pae
現代的なマシン用 Linux (メタパッケージ)が入ってないからそうなるんじゃねえの

headerの方も同じ