そもそもroot権限を使ってまでウイルスチェックをする必要があるのか。
Windowsと関係がないLinuxのシステムファイルまでスキャンするのは無駄ではないのか。
チェックしているウイルスパターンは全てWindows用のものだよね。
Windowsと交換する可能性のあるファイルを入れているディレクトリのみをチェックする以上に、
何かすることがあるの？