エスパーすると
動かないじゃなくてアンマウントできないでは？
そしてアンマウントできないのはほかのプロセスが掴んでてbusyになってる
lsof | grep hogehoge

ついでに言うとそれが自分専用のシステムならCGIではなく
sshでコマンドをバッチ化して実行とかの方のがいい