【やっと原因判明】

CMainFrame を WS_EX_LAYERED で透明化していて、今回の条件に当てはまる時に、
CMDIClientWnd のタイトルバー上でマウスの左ボタンを押し始め、そのまま
マウスをずっと動かし続けると、WINPOS_SysCommandSizeMove() の中の

if (!GetMessageW( &msg, 0, 0, 0 )) break;

の部分の GetMessageW() 関数の中で停止してしまう。詳細は、GetMessageW() の
中で、メッセージキューが空だった場合に呼び出されるところの、

wait_objects()　　　 ;dlls/user32/message.c
-->wow_handlers.wait_message()
-->wait_message()　　;dll/user32/winproc.c
-->USER_Driver->pMsgWaitForMultipleObjectsEx()
-->X11DRV_MsgWaitForMultipleObjectsEx()

の最後の関数の中で停止してしまう。

正常なら、WM_NCMOUSEMOVE メッセージが到着することによって、関数から
戻って来るはずだと思われる。