確かWinでexeじゃなくてjarを直接起動するとそこのチェックボックスが出ないって事象があった記憶
フォルダのなかにmkdticonってシェルがあると思うんでそれでデスクトップにアイコンを作って
そのアイコンから起動して

あとjarファイルの名前を勝手に変えてるなら御法度
自分はいいけどトラぶった時に質問された相手が話が通じなくて困ることがある