法令も文科省も二重学籍を禁止していないので、二重学籍の扱いは大学の
裁量で決められる。どう決めるかは、大学のポリシーの問題。

科目等履修生制度は、学生以外の者に授業科目の履修を認めて、単位を
与えることができる、というもの。法令は科目等履修生の受け入れを義務付け
てはおらず、これも大学の裁量で決められる。

つまり、
 ・同時に複数の大学で学びたいというのは、個人の都合。
 ・科目等履修生の受け入れや二重学籍の扱いは大学の自由裁量。
ということ。

二重学籍云々の問題は、単に大学のポリシーと個人の都合のミスマッチに
過ぎず、制度や趣旨とは関係ないと思うのだが...。