クラッチを切ってローやバックギヤに入れるときにギヤ鳴りするならクラッチ周り（切れ不良）
ロー、バック共に静止状態からギヤを入れるときに正常で、発進後にシフトチェンジ不良（ギヤ鳴り、レバーが弾かれるなど）ならミッション周り
特定のギヤだけでシフト不良なのか全体的にシフト不良なのかでまた問題は切り分けできるかな