エンジンは、N-WGNで大幅な改良が実施されたS07A型がベースだが、ミッドシップ搭載に合わせた配管類のレイアウトや冷却性能確保、
信頼性向上、ターボのレスポンスアップ策などマイクロスポーツの資質を満たすための変更が随所に盛り込まれている。
S660用では、アクセル操作にリニアに応答する爽快な加速レスポンスを得るためにターボチャージャーの変更が実施された。
ターボエンジンではアクセルを踏んでから過給圧が上がり、ドライバーが望むパワーが得られるまでにわずかな遅れ(ターボラグ)が
出てしまい、これが大きいとリニア感が失われてしまう。そこで、出力レベルは同等をキープしつつ、アクセル操作とリンクした過給圧の
立ち上がり特性を重視した選定が行われた。
このターボは三菱重工製で、型式はTD015型と思われる。従来のN系よりコンプレッサーのインペラ(羽根)を小径に変更したタイプで、
これによってインペラの回転慣性モーメントが減少し、従来型よりインペラの回転上昇が早くなっている。単に小型化するだけでは、
レスポンスがよくなってもトレードオフでトルクや出力の最大値が低下してしまうが、三菱重工では2L前後のエンジンでも採用している
ワイドレンジのインペラデザインを軽自動車用にも採用していて、レスポンスと出力特性の両立ができている。
また、ミッドシップでは熱対策も重要になるが、三菱製ターボはターボのシャフトを支持するセンターハウジングのオイルや水冷部の
性能が優れており、厳しい環境での耐久性能の高さも採用の決め手となっている。
また、ターボは単に既存品を使うのではなく、ホンダのスペックに合わせてあり、とくに吸気のコンプレッサーハウジングは肉厚を最適な
状態まで減少させて、ターボ単体で12%のダイエットに成功している。
エンジン本体はMT仕様で許容回転数である7700rpmに引き上げ、シフトミスでのオーバーレブに対しても故障しにくくするため強化バルブスプリング
を採用している。シリンダーヘッドのナトリウム封入排気バルブやツインインジェクターは継続採用で、燃焼室温度の低下によるノッキング限界向上や
均質な混合気を素早くつくることで、高い燃焼効率を得ている。オイルパンは高いコーナリングGでのオイルの偏りで起こるオイルポンプ性能低下を防ぐ
ため、中央部の床を深くした形状にして油圧が途切れないようにしている。エンジンマウントが装着されるチェーンケースはトラクション性能の増加や
スポーツカーとしての耐久性を持たせるために強化品としている。