工作局で設計してると思うけど、動力車課と客貨車課って感じで担当部署が別れてるよね。
同じ国鉄でも担当部署が違うとそれぞれで設計するから構造が統一されていないって話を聞いたことがあるね。それと同じで電車と気動車では別個の設計思想で事が進んだとかあるんじゃない？

確か気動車は客車と同じ設計思想で進んだからナハ10系と同じ1段上昇窓で製造されたけど、キハ90系を設計する時点ではユニット窓の急行電車が幅を利かせてたから、右に習えでユニット窓を採用したんでは？

以上あくまで自分の予想ね。