大井川ではダメな理由は、電磁式速度計連動爆弾には不向きだから。
始発駅から、ある程度の距離をノンストップで走る列車でないと、
予告を連絡するまでもなく、次の駅で停車して爆発してしまう。
けが人どころか、死者が出るかも知れない。
沖田たちは「誰も殺さない、誰も殺されない」を目指しているので、
そんな場所では全然ダメだ。

それと、劇中の沖田やそのグループの心理に立つならば、
東京に近い場所では、過激派事件など爆弾専門の部署も動きやすく、
爆発物の概要が簡単に割れる危険がある、と考えたかも。
映画では、意外に早く電磁式速度計にたどり着いてしまう設定になってるが、
北海道なら、それが少しでも引き延ばせると考えた可能性はあるだろう。

あとは、犯人の本拠をぼかす撹乱作戦か。