その辺は料金との兼ね合い次第だろうね。
3段と2段の価格差が約1000円という設定を見る限り、
"JRが提供したい価格水準"では集客不能という判断では。
実際問題、電車化前の出雲3,2号では割引切符用の3段寝台が
最後まで設定されていた訳だし。