2.99と3.0.2のdisplay/Dorahuto.classを比較してみたけど2回指名バグに関して怪しいと言えるかもしれないのは1716行目の
if (Init.dorhutoSumiList.contains(Integer.valueOf(tempSensyu.getSensyuID())))
continue;

くらいしかなかった
これは他球団の投手指名に関係する処理だが一番上どうこうは特に関係ない部分

ところで、他球団ドラフトにおける重要な変数としてGeninFlgなるものが存在する
これは全ての指名候補選手が持っていて0か1の値を持つから未指名・指名済みを判別するための変数だと思うんだけどGeninと名付けた意図がはっきりしないから何とも言えない
下人?原因?

もしこれが未指名・指名済みを判別する変数だとしたらcontinue云々の後にはGeninFlg()=0の投手をGeninFlg()=1にする処理が記されているから2回指名バグと関係あるかもしれない