運賃計算は実際に通る経路でなく、駅から駅のマンハッタン距離の最短で算出されてるから大回りだと運行費に対する運賃収入が少なくなる
またスピード（速達）ボーナスってのもあってその時代に使える車両の平均速度で運賃に補正がかかる
http://japanese.simutrans.com/index.php?%B2%E8%CC%CC%C0%E2%CC%C0%2F%B0%EC%CD%F7%C9%BD
ここにスピードボーナスの一応の解説はある