改めて俺の主張をまとめておこう

事実１：ゼーレの目的は人類補完計画によるリセットである
事実２：しかし人類補完計画はゲンドウによって提唱されたものである
事実３：ユイ曰くゼーレとゲヒルンは「最後の悲劇を食い止める」ためにある

結論：ゼーレの当初の目的は人類を守り使徒を撃退することである（他情況証拠多数）

これで見やすいかな