…なんか訳わからなくなってきたんだが

>>183
>ヴンダーはあらかじめゼーレのプログラムによって主機含めアダムスの器に取り込まれて行動不能状態に陥るように仕組まれてたんだが

これはMk.9のプラグに大量のゼーレマークが現れて、黒波の操縦操作を離れ（たぶん）
アダムスの器形態（あの黒いの）に変容し、ヴンダーに取り付いて主機周辺に侵食かけたことを指すんじゃないの？
これは確実に劇中の描写だろうに
ゼーレが何かしら仕組んでることはヴィレも承知っぽい（アスカ「ゼーレのやりそうなことね！」）

実際にヴンダーが乗っ取られなかった理由はよくわからない
初号機が抵抗したのか、単に2号機に撃破されたからなのか
黒波の「なぜ？リンクが回復しない」がヴンダーとMk.9のリンクを指してたのか、
それともゼーレのプログラムに割り込まれてプラグからMk.9を操作できないことだったのか
そのへんがはっきりしないから何とも言えない（もし前者なら初号機が何かしたんだなと思えるけど）