ユイ漫画だとシンジに「世界中の人々の幸せをあなたが守るのよ」とか言ってたし完全黒幕には見えないな。リリスがいる限り補完の方法はあるし、最終的にはシンジの意思で神リリス死んだから、死海文章どおりにしないためにはどの道一回3rd起こすしか無かったんじゃね？