使徒が全部で13体
トウジ死亡
加持の過去が描かれた
レイが明確にシンジを好いてる
カヲルがガキっぽい
オナニーシーンカット
ゲンドウがATフィールド展開
初号機がアスカの危機に間に合う
ユイの出番が全体的に増えてる
結末

特に大きく改変されてるのはこの辺か
トウジに関してはアニメでも当初死亡予定だったって後から知ったけど