鹿島学園高校の教職員組合は、余湖三千雄校長の不当労働行為などへ強い抵抗を続け、2004年にようやく和解が成立している「鹿島学園高と教職員組合が和解 賞与の差額支払いなど」（読売新聞茨城版 朝刊
（2004年11月5日）32面「鹿島学園、教職員組合と和解 救済申し立てで」（毎日新聞茨城版 朝刊（2004年11月5日）23面）、「不当労働行為で組合員と和解 鹿島学園高」（朝日新聞茨城版 朝刊（2004年11月5日）31面）などに出典
がある。2003年に福祉コースを開設「「鹿島学園高 福祉コースを新設」（茨城新聞 朝刊（2002年11月16日）21面）、「『将来の担い手』意識向上に期待 鹿島学園校がヘルパー養成へ」（茨城新聞 朝刊（2002年11月19日）17面）。
2005年からは鹿島学園高等学校通信制課程東京校の認可を受け併設している。2015年4月2日、理事長兼校長である余湖三千雄が知人女性を監禁し性的暴行を加えたとして強姦致傷、逮捕監禁容疑で茨城県警行方署に逮捕され、
学園は4月1日付けで余湖の学園理事長並びに校長職を解き懲戒解雇した。